Pese a ello, es muy probable que el gran arquitecto de la Catedral, Juan de Orea, siguiera un primer trazado proyectado, posiblemente, por Diego de Siloé que anuncia la nueva tendencia constructiva renacentista (a lo romano) que culmina magistralmente Orea en las décadas siguientes.

Por tanto, en el interior del templo, contrastan (y esto es un rasgo propio y enriquecedor de la Catedral de Almería) los arcos ojivales de las bóvedas góticas con sus llamativas nervaduras entrecruzadas, con los arcos de medio punto más propios del clasicismo renacentista y los frontones y columnas corintias pareadas más propias del Neoclásico de finales del XVIII. Tres naves con la misma altura articulan el espacio.

No pueden pasar desapercibidos, tanto en el exterior como en el interior de la Catedral, los rasgos de fortaleza que han acompañado al templo desde sus cimientos, quedando por esta razón los aspectos estéticos subordinados a los defensivos.

Así pues, a pesar de las cubiertas góticas, es un hecho la ausencia de ventanales y vanos destinados a grandes vitrales; y más aún, la razón primordial por la que las tres naves guardan la misma altura (cuando lo más normal es que la central sea de mayor altura), es fruto del pragmatismo de una fortaleza, ya que una techumbre plana permitía una mejor defensa del conjunto de cara a un eventual asedio o ataque.

Aunque sin estridencias que hieran la observación visual, es evidente el cambio de estilo artístico entre las capillas de la girola, que rezuman un arcaísmo de reminiscencias medievales, con las de la nave de la epístola, que siguen en su trazado el canon imperante de las capillas catedralicias propias del XVI y del XVII.

Como ejemplo de la simbiosis entre ambos estilos –gótico y renacentista-, podemos observar los pilares de las naves que, a pesar de seguir el esquema gótico (rematados con capiteles casi figurados), anuncian en su base la evolución hacia el pilar cruciforme que consagrarán las obras religiosas de Siloé y sus discípulos a lo largo del XVI.