Es difícil condensar en unas pocas líneas todo el programa iconográfico y espiritual que recoge la Capilla Mayor de la Catedral, un deleite visual para los sentidos que supone toda una catequesis digna de identificar en cada uno de sus elementos técnicos y plásticos, con la simbología alegórica que caracteriza las obras del barroco.

Sobre el presbiterio, alzado sobre cinco arcos de medio punto que comunican con la girola (cuya misión es permitir la adoración del Santísimo Sacramento desde cualquier ángulo externo a la capilla mayor) se levantan una serie de pinturas y esculturas en relieve que muestran un recorrido por los principales hitos de la Historia de la Salvación, centrados en la vida de Cristo y María. El paño central ocupa el relieve de la Encarnación de Cristo en María, cuya sobresaliente ejecución los estudiosos sitúan en el entorno del maestro granadino Pablo de Rojas. Sobre él se alza un Calvario: Cristo Crucificado entrega su vida para la remisión del género humano, junto a la Virgen Dolorosa y el Discípulo Amado. Este crucificado, de gran mérito, se atribuye a Jerónimo Quijano, pionero de la escultura renacentista en España. Llama poderosamente la atención el sentido ascendente de todo el relato bíblico, culminando los nervios entrecruzados en la bóveda formando una crucería lograda cuya observación no deja indiferente a nadie.

En el espacio central de la capilla se alza el poderoso tabernáculo de alabastro, jaspe y mármol, concebido en el diseño de Ventura Rodríguez para albergar el Santísimo Sacramento para su adoración. Situado entre columnas pareadas corintias y una cúpula decorada con figuras alegóricas y hagiográficas, al igual que el basamento. Santos, evangelistas, doctores, profetas… Toda su iconografía constituye un solemne canto litúrgico en honor de la Eucaristía.

Junto a él se encuentra la Cátedra del Obispo, padre, pastor y maestro de la Diócesis. De ahí que el nombre de esta primera iglesia diocesana sea “catedral”.

Precede al presbiterio, sobre el crucero, una magnífica bóveda de crucería que destaca por su singularidad como identificativa del primer templo almeriense.