En cambio, la techumbre uniforme podía ser utilizada para albergar cañones y sistemas defensivos –cañones y ballestas- en caso de ataque. Por todo lo anterior, en la estructura del alzado de la Catedral podemos observar diversos elementos que cumplen con un fin defensivo más que decorativo, como los adarves, las troneras y las atalayas.
En la nave lateral del lado de la epístola se encuentran tres capillas, además de la portada que accede a la Capilla del Sagrario, de grandes dimensiones y muy características de esta Catedral. Estas tres capillas guardan un entramado arquitectónico similar, accediendose a ellas cruzando un arco de doble abocinamiento, datan del siglo XVII.
La primera de ellas, la de San Ildefonso, fue antaño capilla funeraria de la Familia Ballesteros. La segunda, advocada “de los mártires”, alberga un gran retrato del Beato Diego Ventaja, obispo de Almería, junto al Obispo de Guadix y una serie de hermanos de la Salle, todos ellos asesinados al comienzo de la Guerra Civil, en agosto de 1936. La capilla que cierra este conjunto, fue antaño el Baptisterio. En ella se encuentra una gran pila bautismal realizada primorosamente en mármol de Macael, estando dedicada a la memoria a la Virgen del Carmen.
La Capilla del Sagrario debe su existencia al empeño del obispo Fray Juan de Portocarrero, concebida para reserva y adoración del Santísimo Sacramento, aunque fue ampliada posteriormente hasta otorgarle su aspecto actual, siendo las pinturas que exornan la bóveda y las pechinas obra de autores de la tierra, realizadas hacia la segunda mitad del pasado siglo XX.
El retablo neobarroco es obra de Jesús de Perceval, también realizado en la misma época que las pinturas. En 1974, fue descubierto el sepulcro del obispo promotor bajo los cimientos de la capilla.
En la cabecera del templo, en la girola, se sitúan las capillas más antiguas de la Catedral, levantadas durante el siglo XVI. La capilla de la Piedad se caracteriza por albergar en sus muros pinturas de Alonso Cano, pertenecientes a un antiguo retablo desaparecido.
Pero sin duda, la capilla más significativa de este espacio es la del Santo Cristo de la Escucha, de gran veneración entre el pueblo de Almería, en la que se encuentra el sepulcro de alabastro del obispo Fray Diego de Villalán. Este mausoleo, labrado por Juan de Orea en el siglo XVI, es todo un referente de la escultura funeraria en el sudeste peninsular.
La hornacina central alberga el Cristo de la Escucha, realizado siguiendo el modelo de otro anterior desaparecido. De notable influencia tardogótica, es procesionado en la madrugada del Viernes Santo por las calles aledañas al templo, con presencia de gran número de fieles rezando solemnemente el Vía Crucis.
Cierra la girola, antes de dar paso a la Sacristía, la Capilla de San Indalecio, dedicada a la memoria del que se considera el obispo fundador de la diócesis. Si bien el retablo y las imágenes que conservan son de factura reciente de gran calidad artística, la capilla guarda en sí todo su trazado primitivo, a pesar del infortunio sufrido durante el saqueo de la Catedral durante la Guerra Civil. La capilla, además, tiene gran significado espiritual, pues en ella se encuentran sepultados varios obispos recientes de la segunda mitad del siglo XX.
